8月1日早上，受今年第4號臺風“妮妲”的影響，廣州港3、4號區升掛臺風信號2號風球，廣州水上巴士于九時三十分有序安排了全線停航。
?在臺風產生影響前，公司領導帶隊到碼頭和船舶一線進行防臺工作檢查，共計出動檢查人員166人次，檢查碼頭58座次，船舶136艘次，躉船74艘，主要是針對船舶靠舶（錨地）防風防汛措施的落實、留守船員在崗狀態、物業管理情況、廠房碼頭用電安全以及內澇防控等，確保各項防護措施落實到位。
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8月2日“妮妲”以強臺風（14級左右）正面襲擊珠江三角洲。客輪員工嚴陣以待，通過監控系統，二十四小時關注碼頭及水面動向。
受大潮以及大雨影響，郊區碼頭水位明顯上漲，部分躉排鏈已經拉緊，按三防應急預案響應程序，公司應急辦立即出動三防搶險分隊，前往郊區碼頭，對躉排鏈進行切斷松鏈。市區內的碼頭也進行分片區安排三防搶險人員到現場監管，發現躉排鏈拉緊情況，立即作出處理。目前公司共出動5支應急搶險小分隊,搶險人員99人，處置險情13宗，目前所有險情已受控。公司指揮中心通過視頻監控系統，加強搶險調度工作，做好信息傳遞工作。
“妮妲”臺風組合天文大潮著實給了珠江一滿灌，水位越過警戒線，部分碼頭水排出現險情。客輪員工連夜檢修碼頭，確保各航線符合開航安全條件，保證了今晨水巴全線恢復正常營運。
臺風“妮妲”雖然已經離開廣州，地鐵、公交等陸上交通逐漸恢復，客輪人也成功守住了水上交通的陣地，保障了國家財產和民眾生命安全。